Существование двух версий приведения к покорности земных богов: длительной и гуманной («Кодзики», «Нихонги») и краткой и воинственной («Когосюи») также отражает наличие двух разных культурных традиций, одна из которых принадлежала покорителям (небесные боги), другая - побежденным (земные боги). Характерной особенностью японской мифологии является широкое отражение в ней веры древних японцев в магию. Исследователи отмечают, что японские мифы больше похожи на смесь различных суеверий, чем на связную сюжетную систему. Подробное описание магических обрядов приводится в мифе о бегстве Идзанаки из подземного царства, содержащем распространенный в фольклоре многих народов мотив задержания погони посредством бросания различных предметов («магическое бегство»), и в мифе о сокрытии солнечной богини Аматэрасу в грот, где самым главным в магическом ритуале является танец богини Амэ-но удзумэ. В японских мифах вычленяется много сказочных мотивов и сюжетов, явно более позднего происхождения, чем основные сюжетные линии, например, миф о победе Сусаноо над змеем Ямата-но ороти. В мифах действуют животные - помощники. Это мышь в рассказе об испытаниях 0-кунинуси, «голый заяц» Акахада-но усаги в мифе об 0-кунинуси и его старших братьях - ясогами. Полный и развитой сказочный сюжет воплощён в мифологическом рассказе о пребывании Хоори в подводном царстве, тоже явно более позднем по происхождению включении в мифологический свод.

Буддийская мифология
Буддизм получает распространение в Японии с середины VI столетия вместе с потоком континентальной культуры из Кореи и Китая. Начиная с этого времени он оказывает существенное влияние на все стороны социальной и культурной жизни японского общества, находившегося на стадии перехода от общества раннеклассового к классовому. Однако это происходит не столько за счёт подавления местных культов, сколько путем инфильтрации буддизма в те идеологические и духовные сферы, в которые синтоизм ещё не успел проникнуть. В первую очередь это касается государственного культа, а также обслуживания потребностей выделявшейся из кровнородственного коллектива личности. Персонажи буддийской мифологии выступают не в своей основной ипостаси, а в изменённом обличье - обычно святыми (хидзири), творящими чудеса. Подобная трактовка будд и бодхисатв (босацу) через привычные образы полуфольклорных героев создавала широкие предпосылки и возможности для инкорпорирования идей и персонажей буддийской мифологии в жизнь японцев. Святые первоначального японского буддизма сохраняют некоторые черты синтоистских шаманов и заклинателей. Они помогают добродетельным, наказывают злодеев, наставляют заблудших. Главная роль при этом принадлежит аватарам бодхисатвы Каннон (Авалокитешвары), чаще всего осмысляемой, в отличие от Индии и подобно Китаю, в женском облике. Понимание ею личных нужд человека, безграничное сострадание, чего были лишены синтоистские божества, поклонение которым носило по преимуществу коллективный характер, сделало Каннон чрезвычайно популярной среди простого люда.

Другим главным действующим лицом буддийских мифов, преданий и легенд стал царь страны мертвых - Эмма-о (санскрит Яма). Считалось, что Эмма-о определяет меру грехов и благодеяний того или иного человека и соответствующее воздаяние, причём акцент делается не на будущих рождениях (как в ортодоксальном буддизме), а переносится на данную жизнь человека. Уже в VIII столетии с Эммой-о стали отождествлять бодхисатву Дзидзо. Характерной чертой сложившегося в результате сосуществования буддизма и синтоизма общего пантеона стала двуединость многих входящих в него божеств: тот или иной будда являл себя через определённое божество синтоизма (например, Вайрочана в образе Аматэрасу), сохраняя при этом собственные свойства и приобретая дополнительно свойства этого божества.

С распространением буддизма космология дополнилась сложными представлениями о мировой вертикали - горе и шести мирах, в которых перерождаются умершие в соответствии с их моральными заслугами. Однако в народном буддизме эта картина довольно быстро упростилась. Небеса и адские судилища в представлениях японцев отождествились с реальными горами, издавна считавшимися обиталищами ками. Так, например, горы Кумано, священные и в добуддийскую эпоху, с начала IX века стали почитаться как место расположения рая бодхисатв Каннон и Амиды. Эсотерические секты Сингон (буквально «истинные слова», перевод санскрит «мантра») и Тэндай («опора неба», китайское слово Тяньтай) впервые вводят рисованные изображения будд и бодхисатв (раньше типично было их скульптурное воплощение), первостепенное значение приобретает мандала, в центре которой находится Вайрочана. Культ Вайрочаны особенно развит в учении Сингон, согласно которому всё живое и неживое на земле является эманацией этого будды.

Пантеон Тэндай более многочислен. Приверженцы Тэндай почитали и Шакъямуни (япон. Сяка-нёрай), и Вайрочану, и будду Амитабху (Амида), и Бхайшаджьягуру, исцеляющего людей от телесных и духовных недугов, и многих других будд и бодхисатв. Секта Дзедо-сю (буквально «чистая земля»), получившая распространение в XII веке, осуществила серьёзный пересмотр основных положений буддийской доктрины. Конечной целью человеческого существования объявлялась не нирвана (японское сатори), а возрождение в западном раю «чистой земли», которым правит Амида. Раньше представления о рае и аде совмещались в стране мёртвых царя Эммы. Это типологически соответствовало синтоистским идеям о потустороннем существовании, согласно которым статус каждого умершего одинаков: вне зависимости от его земных деяний, он является объектом поклонения для своих потомков. В учении Дзедо-сю рай и ад разделены. Среди сект «чистой земли» Амиде особенно большое место отводилось в учении Дзедо-син-сю (истинная секта чистой земли), основанной в XIII столетии. Начиная с 1614, когда был издан указ, согласно которому каждому японцу вменялось в обязанность посещать храм того прихода, где он проживал, вне зависимости от принадлежности к той или иной секте, наблюдается постепенное нивелирование мифологии, догматики и обрядности различных японских буддийских сект. Народные верования буддизма в новое время обнаруживают аморфность и синкретичность. На эти верования заметное влияние оказала практика синтоизма и отчасти даосизма.